L'histoire du Linceul peut aujourd'hui être reconstruite depuis l'origine :
Les reliques du Christ ont été recueillies et conservées par l'Église après la Passion et la Résurrection. La Tradition dit qu'elles ont été remises à la Vierge Marie, qui les a confiées aux Apôtres qui partaient évangéliser aux quatre coins du monde, où aux disciples qui pouvaient les conserver et les protéger.
Dans les premiers siècles de persécution, le Linceul semble avoir été conservé à un moment dans le désert de Judée, si l'on en croit l'analyse des pollens retrouvés, peut-être dans une jarre comme on en trouve à Qumran, comme tend à le montrer l'étude des tâches d'eau que l'on retrouve sur le linge.
Pendant les premiers siècles, les premières représentation du Christ le figurent comme un jeune pasteur grec, imberbe, cheveux courts, mais tout change à partir de 544, alors qu'on signale à Édesse une image "non faite de main d'homme" que l'on appelle le "Mandylion" (vraisemblablement le Linceul de Turin plié sur lui-même, en faisant apparaître seulement le visage) , qui repousse miraculeusement les ennemis Perses.
A partir de cette date de 544, le visage du Christ va prendre partout les traits que nous lui connaissons aujourd'hui : visage et nez allongé, barbe et moustache, cheveux longs bien coiffés et séparés par une raie centrale, comme on le contemple sur l'ancienne icône du Christ du Monastère Saint Catherine, datée de 550 ap JC ou sur toutes les autres grandes icônes ou les monnaies à partir de là.
En 650, Édesse est conquise par les musulmans en pleine expansion et le Mandylion est caché : il échappe ainsi à la grande crise iconoclaste qui secoue l'Empire Byzantin : de 730 à 787, toutes les images y sont détruites et la crise se prolonge jusqu'au deuxième Concile de Nicée qui rétablit le culte des icônes en 843.
Dès lors l'Empire byzantin veut à tout prix acquérir le "Mandylion d'Édesse" et une expédition militaire est lancée en 944 pour assiéger la fameuse ville au cœur des territoires musulmans : les chrétiens se font alors remettre la précieuse relique en échange de la paix et elle est portée triomphalement à Constantinople où l'Empereur la reçoit avec les plus grand honneurs le 15 août 944, comme le rapport le manuscrit de Jean Skylitzes.
A partir de 944, le Mandylion est conservé dans la forteresse des Blachernes, en l'église Notre-Dame du Pharos, au Nord de la ville, au milieu des reliques les plus précieuses : « Cette empreinte qui nous donne ici le visage du Christ est embellie par les gouttes de sang jaillies de son côté » explique Grégoire le référendaire dans une homélie de l'époque.
En 1190, le Linceul est précisément dessiné par un pèlerin hongrois dans le Codex de Pray, le plus ancien document en hongrois, conservé à la bibliothèque de Budapest : on y reconnait sans l'ombre d'un doute le croisement des bras pour cacher la nudité, les pouces cachés, les traces de sang, le tissage "en chevron", les trous en "L" et en "P" qui se trouvent sur les deux parties du Linceul.
En 1203, le pèlerin Robert de Clari confirme tout cela en décrivant le Linceul au Palais des Blachernes : « Il y a un monastère appelé Sainte-Marie des Blachernes, où se trouve le suaire dans lequel fut enveloppé Notre Seigneur » mais le 14 avril 1204, les croisés vénitiens et français déclenchent le sac de Constantinople : trois jours d'horreur, de massacres et de pillages. C’est le champenois Othon de la Roche qui pénètre dans l’église Saint Marie des Blachernes et le Mandylion disparait dans le pillage des reliques et des trésors.…
En 1205, le Prince byzantin Commène écrira une lettre terrible au Pape Innocent III : « L'an dernier, au mois d'avril, détournée d'une prétendue libération de la Terre sainte, l'armée croisée est venue dévaster Constantinople. Au cours de cette dévastation, les soldats de Venise et de France se sont livrés au pillage des édifices sacrés. Ils ont pris des trésors d'or, d'argent et d'ivoire et se les sont partagés : ils ont pris des trésors d'or, d'argent et d'ivoire et se les sont partagés : aux Vénitiens, les reliques des saints ; aux Français, ce qu'il y avait de plus sacré parmi ces dernières : le Linceul où fut enveloppé après sa mort et avant sa résurrection Notre-Seigneur Jésus Christ ».
En 1205 toujours, les croisés se partagent aussi la Grèce. Le chevalier champenois Othon de la Roche devient Duc d'Athènes et ses descendants y resteront jusqu'en 1451, lorsque les Turcs briseront l'Empire byzantin et le Prince Commène, dans sa lettre au Pape précisait alors : « Le vol de si nombreuses choses sacrées va contre le droit des hommes et les lois de Dieu : Nous savons que ces choses sacrées sont conservées à Venise, en France et autres pays des pillards, le sacré Linceul étant à Athènes ».
En 1453 finalement, le Linceul se retrouve à Lirey, en Champagne, dans l'héritage d'un dénommé Geoffroy de Charny, qui fut tué en défendant le roi à la bataille de Poitiers en 1356. Il laissait une veuve dans le besoin : Jeanne de Vergy, qui organise en 1453 les premières ostensions du "Linceul du Christ". En 1389, Pierre d'Arcis, évêque de Troyes, avait voulu faire interdire les ostensions du Linceul, mais le Pape Clément VII, depuis le Palais des papes d'Avignon était intervenu en autorisant les ostensions, mais avec discrétion.
Le 22 mars 1453, Marguerite de Charny fait don de la précieuse relique au Duc Louis de Savoie, qui lui fait don en échange d'un beau château : le Saint Suaire restera propriété de la Maison de Savoie pendant 5 siècle, à Chambéry où il échappe à un incendie criminel en 1532, puis à Turin, jusqu'en 1983, quand le Grand-Duc Umberto de Savoie en fera don au Vatican. Le Saint Suaire échappera miraculeusement à un autre incendie criminel, en 1998.
En 1898, Secundo Pia, prendra le Linceul en photo et s'apercevra en développant l'image qu'il s'agit d'un "négatif photographique" : le seul négatif photographique connu plusieurs siècles avant l'invention de la photographie, déclenchant 1 siècle d'études et de controverses sur cet objet qui est l'artefact le plus étudié au monde, cumulant plus de 500.000 heures d'études sans que personne n'arrive à donner la moindre explication naturelle à la création de cette image unique au monde, et impossible à reproduire en l'état actuel de nos connaissance.
Le 13 avril 1980, Jean-Paul II dira très justement qu'il s'agit de "la plus splendide relique de la Passion et de la Résurrection du Christ".